京东快递超时赔偿的具体金额是根据拥有京东快递服务的商家与京东快递公司之间签订的合同约定来确定的。一般来说，如果快递发生超时情况，京东快递公司会根据合同约定的赔偿金额来进行赔偿。
在京东快递的服务协议中，通常规定了不同时间段内的超时赔偿金额，比如在规定的时间内送达的，按正常运费进行支付，超时的，京东快递会根据每天延迟的时间长度来进行赔偿。如果延迟了1-2天，通常赔偿金额为运费的10%-20%，如果延迟了3-4天，赔偿金额为运费的30%-40%，超过5天的延迟，则可能会赔偿全额的运费。
总的来说，京东快递超时赔偿金额是根据具体的情况来确定的，一般来说，赔偿金额不会少于订单的运费。如果超时的情况严重影响了客户的利益，商家可以与京东快递公司进行协商或者通过法律途径来解决问题。
需要注意的是，赔偿金额的具体数额可能会受到一些因素的影响，比如快递公司的工作效率、天气等因素。因此，在签订合同时，商家需要仔细阅读合同中的条款，了解超时赔偿的规定，以便在发生超时情况时了解自己的权利和福利。