商标侵权案件的赔偿数额取决于多个因素，包括侵权行为的性质、损失的程度、侵权方的过错程度以及法律规定的赔偿标准。在京东店铺商标侵权案件中，赔偿数额可能会受到以下几个方面的影响：
1. **侵权行为的性质和程度**：侵权行为的严重程度是确定赔偿数额的重要因素之一。如果侵权行为属于恶意、持续且造成严重损失，通常会导致更高的赔偿金额。
2. **商标权利人的损失**：商标权利人因侵权行为而遭受的经济损失将直接影响赔偿数额。这包括销售额的减少、市场份额的损失以及品牌声誉受损等方面。
3. **侵权方的过错程度**：侵权方的过错程度也会影响赔偿数额。如果侵权方是故意侵犯商标权或者存在重大过失，法院可能会对其进行更高额的赔偿。
4. **法律规定的赔偿标准**：在中国，商标法规定了侵权赔偿的一般原则和具体计算方法。根据商标法，商标侵权赔偿数额包括损失赔偿、合理费用和恢复商标权利人声誉的赔偿。同时，商标法还规定了最高赔偿额度。
综合考虑以上因素，如果一家京东店铺被发现侵犯了他人的商标权利，可能需要支付的赔偿数额可能是商标权利人所遭受的实际损失加上合理的费用，以及根据侵权行为的性质和侵权方的过错程度来确定的额外赔偿。具体赔偿数额需要根据案件的具体情况和法院的判决来确定，一般情况下不少于商标权利人所遭受的实际损失。
