在京东商家关闭发票的情况下，商家可以通过以下方法进行操作：
1. 登录京东商家后台：首先，商家需要登录自己的京东商家后台账号，进入后台管理系统。
2. 进入发票管理页面：在后台管理系统中，商家可以找到“发票管理”或者类似的入口，点击进入发票管理页面。
3. 选择关闭发票：在发票管理页面中，商家可以看到已经开具的发票列表，可以选择要关闭的发票记录。
4. 确认关闭发票：点击选中要关闭的发票记录后，选择“关闭发票”或类似按钮，系统会提示确认是否关闭该发票。
5. 确认关闭操作：商家需要再次确认关闭该发票的操作，并填写关闭原因等相关信息。
6. 提交关闭请求：确认无误后，商家可以点击“提交”或类似按钮，系统会处理关闭发票的请求。
7. 审核关闭结果：系统会自动将关闭发票的请求提交给相关部门进行审核处理，商家需要等待审核结果通知。
8. 查看关闭结果：商家可以在发票管理页面中查看关闭发票的审核结果，是否成功关闭发票。
总结：以上便是京东商家如何关闭发票的主要步骤，商家需要注意填写关闭原因及相关信息，并等待审核结果通知。如果有任何疑问或者问题，可以随时联系京东商家客服进行咨询和帮助。
