京东商家年费在很多情况下是可以开具发票的，但具体情况要看商家的账户类型和开票需求。在京东平台上，商家账户主要有两种类型：企业账户和个体账户。企业账户通常可以开具增值税普通发票或增值税专用发票，而个体账户通常只可以开具增值税普通发票。
对于企业账户来说，一般情况下是可以开具年费发票的。商家在缴纳年费时，可以选择开具增值税普通发票或增值税专用发票。这些发票可以用于报销或递交税务申报。商家可以在交年费之前与京东客服或财务人员联系，说明开票需求，按照相关流程提交开票申请，一般来说京东会配合商家进行开票操作。
对于个体账户来说，通常只能开具增值税普通发票。商家在缴纳年费时，也可以选择开具普通发票，但是不能开具增值税专用发票。商家可以在支付年费时选择开票选项，填写好开票信息，京东会在一定时间内将发票寄送给商家。
需要注意的是，不同地区的税务政策可能有所不同，商家在申请开票时需要参考当地的税务规定，选择合适的开票类型。此外，商家在与京东协商开票事宜时，应当注意保存好相关凭证和记录，以便日后核对与税务机关的沟通。
综上所述，京东商家年费通常是可以开具发票的，具体开票类型和流程取决于商家的账户类型和开票需求。商家在使用京东平台时，应当留意相关开票政策，确保自己的开票需求得到满足。
