当京东已发货后进行退款时，通常是需要扣除一定金额的。这是因为京东作为电商平台，在商品售后服务中需要承担一定的费用，例如物流费用、人工处理费用等。因此，京东在处理退款时通常会有一定的规则来扣除一定费用。
在京东的退款政策中，一般会有以下几种情况需要扣除一定费用：
1. 普通商品退货：如果是在七天无理由退货的情况下，消费者可以选择自愿退货，但是需要自行承担往返运费。在退货时，京东一般会在确认收到商品后进行退款，但会在退款金额中扣除相应的物流费用。
2. 收到商品有质量问题：如果消费者收到的商品有质量问题，可以选择要求退货或者换货。在这种情况下，如果是卖家责任造成的问题，通常不会扣除费用。而如果是消费者原因造成的问题（例如操作不当导致商品破损），则可能会扣除一定费用。
3. 定制商品退货：对于定制商品退货，通常需要扣除定制费用和工艺费等。
总的来说，在京东发货后的退款中会有一定的费用扣除。消费者可以根据自己的情况选择不同的退货方式，但需要注意可能会有额外费用。同时，在发生纠纷时，可以通过京东客服进行沟通协商，寻求合理的解决方案。
