淘宝联盟是阿里巴巴旗下的一个推广平台，让网站主可以通过推广淘宝店铺的商品赚取佣金。当网站主在淘宝联盟中赚取一定的佣金后，需要缴纳税款。
根据中国的税法规定，从网络推广获得的佣金所得是需要缴纳个人所得税的。税法规定，来自网络推广所得的个人所得税税率为20%。所以，当网站主在淘宝联盟上赚取2万的佣金后，需要缴纳的个人所得税为4000元。
另外，在缴纳税款时，个人还需要注意以下几点：
1. 个人可以通过在淘宝联盟上赚取的佣金等支出来抵扣税款。比如，网站主可以将推广费用、网站运营成本等相关费用列入抵扣范围内，从而减少应缴纳的税款。
2. 如果网站主是在淘宝联盟上以个人名义参与，那么需要按照个人所得税的相关规定缴纳税款。如果是以公司名义参与，则需要按照公司所得税的相关规定缴纳税款。
3. 在具体缴税时，需要填写个人所得税申报表，并准确填写相关信息，以确保缴纳的税款符合法律规定。
综上所述，当网站主在淘宝联盟上赚取2万的佣金后，需要缴纳的个人所得税为4000元。同时，需要根据个人实际情况，合理选择抵扣税款的支出，并在缴税时认真填写申报表，确保交纳符合法律规定的税款。希望以上信息对您有所帮助。
