天猫超市退回运费是从用户的支付方式中扣除的。当用户在天猫超市购物并选择了快递配送方式时，一般会支付一定的运费。如果用户需要退货并选择退回运费，那么这笔运费将会从用户最初支付时使用的支付方式中扣除。
具体来说，如果用户使用支付宝、微信支付、银行卡等在线支付方式支付了订单中的运费，那么退货时退回的运费将会通过相同的支付方式返还给用户账户。用户可以在退货流程中选择退回运费选项，并在退款成功后查看相应的账单记录。如果用户选择了货到付款的方式支付订单中的运费，那么在退货时将会生成一个退款单，用户可以选择在之后的订单中抵扣运费。
在天猫超市的退货流程中，用户需要先联系客服提出退货申请，然后按照客服指引将商品寄回指定地址。在天猫收到退货并确认无误后，将会进行退款操作，其中包括退回用户支付的运费部分。
需要注意的是，天猫超市对退货运费有一定的规定，通常情况下会要求用户在一定的时间内进行退货并支付相应的运费。如果用户超过规定的时间或者未按要求进行退货，那么可能会影响退回运费的操作。
总的来说，天猫超市退回运费是从用户支付方式中扣款的，一般会通过相同的支付方式返还给用户账户。用户在进行退货操作时需要按照规定的流程和要求进行操作，以确保顺利退回运费。
