商家淘宝联盟扣佣金是一种常见的商业合作模式，其合法性主要取决于具体的合同约定和执行方式。淘宝联盟是由淘宝提供的一种广告联盟平台，商家通过在平台上注册推广自己的商品，吸引用户点击链接购买，从而获得一定的佣金。在这个过程中，商家和淘宝联盟之间会签订合作协议，明确佣金比例、结算方式等细则。
首先，商家淘宝联盟扣佣金的行为本身是合法的，因为双方签订了合同，商家自愿选择使用淘宝联盟来进行推广，接受相应的规则和费用。在签订合同前，商家应当仔细阅读合同条款，确保自己对佣金扣除的规则有清晰的理解。如果商家在合同中明确同意扣佣金，那么淘宝联盟扣佣金的行为是合法的。
其次，商家淘宝联盟扣佣金的合法性还取决于扣佣金的方式和金额是否符合法律法规。例如，商家在签订合同时应当确保扣佣金的比例和方式没有违反《中华人民共和国合同法》等相关法律法规，保障自己的合法权益。此外，商家应当谨慎选择合作的平台和交易方式，确保合作合法合规，避免涉及虚假宣传、违规广告等问题。
最后，商家在与淘宝联盟合作时应当保持警惕，定期核查合作情况，确保自己的权益受到保障。如果商家发现淘宝联盟扣佣金的行为存在违规或不当之处，应当及时与淘宝联盟协商解决，或者寻求法律援助。同时，商家也可以选择终止合作关系，寻找更合适的合作伙伴。
综上所述，商家淘宝联盟扣佣金本身是合法行为，但商家在选择合作伙伴和签订合同时需要慎重考虑，确保自己的权益得到保障。在合作过程中，商家应当积极维护自己的合法权益，避免不当行为和纠纷的发生，确保合作愉快顺利进行。
